疟疾大多通过雌性按蚊叮咬传播，蚊类是能够传播多种虫媒传染病的重要病媒生物。海关对口岸区域实施病媒生物本底监测，指导口岸相关单位杀灭病媒生物，改造或消除病媒生物孳生地；对发现蚊媒传染病疑似病例的交通工具及口岸现场污染区域进行卫生处理；对发现的蚊虫实施捕获、鉴定并送实验室检测其带毒情况，防控外来病媒生物输入和定殖。
世界卫生组织最新报告显示，非洲区域继续占全球疟疾病例和死亡的大约90%。针对此趋势，海关基于常规检疫查验工作之上，主要监测来自非洲交通工具和人员，重点保护有非洲旅行史人员，尤其关注有蚊虫叮咬史、室外暴露史、发热史的出入境人员。海关在出入境通道上设置红外体温监测仪等设施设备，并通过观察、咨询等方式判断出入境人员有无传染病相关症状或体征，对出入境人员实施体温监测和医学巡查，发现发热及其他有症状人员及时对其实施卫生检疫措施。海关对怀疑为疟疾的疑似病例尽量说服其入院诊治；对于拒绝转交医疗机构的详细记录个人信息，根据相关要求将有关信息转交当地卫生部门；对疑似病例等进行追踪调查和资料存档。
2018年，全国海关通过口岸监测、境外信息通报、主动申报、健康体检、实验室检测、联防联控等多种渠道，共检出输入性疟疾病例88例，为防止疫情传播扩散、助力我国疟疾消除目标实现、保障人民健康安全发挥重要作用。